“七七事項”后不久，日軍攻克北平。北京大年夜學、清華大年夜學南遷，大年夜批師生南下。當時陳垣老師沒有南下，而是留在了北平。1945年9月3日，日本向中國降服佩服的第二天，輔仁大年夜學舉行開學儀式。陳垣老師說：“輔仁大年夜學已有8年沒有舉行開學儀式，由于國旗拿不出來，國歌不能唱，以致措辭也要受到限定。日本攻克徐州時，逼迫各個黌舍都要慶祝，掛出偽滿的旗，以是干脆就不舉行開學儀式和不舉行升旗。”當初為什么他不脫離北平呢？

　　一個緣故原由是輔仁大年夜學是德國教會辦的，并沒有南遷的盤算，陳垣老師假如南下，只能丟下輔仁大年夜學的師生，單身脫離北平。他是一位學者，脫離了他的大年夜批圖書就無法進行事情。離不開輔仁大年夜學，離不開他北平的冊本，這應該是一個緣故原由。

　　雖然自己沒有脫離北平，但他對想要脫離北平的人，他的同伙、晚輩等，是很支持的。

　　陳垣老師留在北平，另一個緊張緣故原由是他感覺自己有責任留在北平。留在北平做什么？他為什么堅信自己要留在北平，而且要做很多工作，這要有堅決的信念。什么信念？

　　陳垣老師堅信日本的侵占肯定是要掉敗的。他在抗戰時期寫了好幾本書。這幾本書既是學術著作，更緊張的是戰爭的著作。有一本書叫《南宋初河北新玄門考》，他說：“自永嘉（西晉的一個年號）以來，河北已經被外族侵陵好久了，但為什么著末中國會規復呢？中國的人口還越來越多呢？便是千百年來先夷易近困難培養而成的這么一種夷易近心。”當時他只能用中國歷史上的夷易近族斗爭來比喻抗日戰斗，由于夷易近族斗爭也是有長短之分的，也是有正義與非正義之分的，是可以從中汲取履歷教訓的。這是第一點，他堅信侵占者是不能長久的。