①與第一代生物燃料最重要的區(qū)別之一在于，第二代生物燃料是以非糧作物乙醇、纖維素乙醇和生物柴油等為代表，原料主要使用非糧作物，秸稈、枯草、甘蔗渣、稻殼、木屑等廢棄物，以及主要用來生產(chǎn)生物柴油的動物脂肪、藻類等。第二代生物燃料即非糧食乙醇燃料，其實第二代生物燃料也分為二代：第一代主要用甜高粱、木薯等非糧食農(nóng)作物進行提取，優(yōu)點是淀粉及糖含量高，能替代玉米、小麥等糧食作物；而下一代則以纖維素為主要原料，例如植物的莖葉、農(nóng)作物秸稈、林業(yè)剩余物等都可以轉(zhuǎn)化為燃料，擴大生物燃料的作物種類，更可以廢物利用，這是當前國際研究的重點。

　　②另據(jù)美國能源部研究，更注重生態(tài)效應(yīng)的第二代生物燃料有望減少最高達96％的溫室氣體排放；而第一代以玉米為原料的燃料乙醇，平均僅可以減少約20％的溫室氣體排放。而且，第二代生物燃料，尤其是纖維素乙醇的取材范圍相當廣泛，秸稈等纖維素類農(nóng)業(yè)廢棄物大量存在。農(nóng)業(yè)廢棄物均可入料，保證了生物能源的可持續(xù)發(fā)展，解決了第一代生物燃料生產(chǎn)過程中耗費更多能源和使用更多化學(xué)物質(zhì)的問題，同時也降低了對人類健康的潛在威脅。

　　③汽車發(fā)動機不需要改造就可以直接使用摻入了生物乙醇的汽油或柴油，使得第二代生物燃料已成為許多國家開發(fā)生物燃料時的新寵。德國大眾公司等歐洲汽車制造商就與德國佛萊堡科倫工業(yè)集團開展合作，共同開發(fā)取自稻草或秸稈的第二代生物燃料，該工業(yè)集團年產(chǎn)2萬噸的“第二代生物柴油”項目已啟動。其次，生產(chǎn)第二代生物乙醇的催化酶技術(shù)未來幾年成本還將快速下降，大規(guī)模工業(yè)生產(chǎn)的可行性非常強。美國能源部通過資金支持國家可再生能源實驗室與企業(yè)合作。對纖維素催化酶進行優(yōu)化，大大地降低其成本，使第二代生物燃料技術(shù)能早日投入實現(xiàn)產(chǎn)業(yè)化和商業(yè)化。UOP公司等許多新能源企業(yè)紛紛紐建第二代生物燃料生產(chǎn)廠。巴西石油公司則研究從秸稈、稻殼等農(nóng)業(yè)廢棄物中提煉乙醇，并加緊生產(chǎn)廠的建設(shè)。從2008年開始，許多國家對第二代生物燃料的投入呈幾何數(shù)字增長。