上帝看見人類已經徹底的敗壞，到處顯出他們的喪德敗行，就對挪亞說：“人類的結局到了，因為他惡貫滿盈，所以，我要把他們跟大地一起毀掉。你要為自己用柏木建造一只方舟，里面要有艙房，而且，內外都要涂上瀝青。你建造的舟要長四百五十尺，闊七十五尺，高四十五尺。船頂要有高十八寸透光的窗，門開在船的側面，全船要分為上、中、上三層。”
“看吧，我要使洪水在地上泛濫，淹沒地上的一切生物，毀滅他們。但我要跟你立約，你和你的妻兒媳婦都可以一同走進方舟。在每一種動物之中，你要把雌雄一對的帶進方舟，保存我們的生命。還有，各種飛鳥、牲畜和爬行的生物，都要按種類、每樣一對地帶進方舟去，保存它們的生命。你還要為自己帶備各種食物，貯存起來作糧食。”挪亞就照著上帝所吩咐的，把事情全部辦好了。
主對挪亞說：“你和你一家都進方舟去吧!因為在這世代當中，只有你在我眼中是正直的。你要同帶潔凈的動物每樣七對，不潔凈的動物每樣一對，空中的飛鳥也各帶七對，這樣是叫它們將來可以在地上繁殖。因為七天以后，我就要四十晝夜不停地往地上降雨，毀滅我親手所造的一切生物。”
凡上帝所吩咐的，挪亞都依言辦好了。洪水泛濫的時候，正是挪亞六百歲的那一年。挪亞和他的妻兒媳婦都進了方舟，躲避洪水。潔凈的動物和不潔凈的動物、飛鳥和地上的一切爬行生物，都像上帝所吩咐的一樣，一對一對走進了挪亞的方舟。
這樣過了七天，洪水就開始泛濫在地面了。就是在挪亞六百歲那一年的二月十七日那天，所有地下的水泉和洪流涌溢開來，天上的水源也敞開了。雨傾盆般的倒在地上，在四十晝夜之久。在那天，挪亞和他兒子閃、含、雅弗，還有挪亞的妻子和三個媳婦，都進了方舟。所有的.野獸、牲畜和各樣的地上爬行的生物、 飛鳥都按著種類，一對一對地走進了挪亞的方舟。之后，上帝就為他們關上了門。
洪水在地上泛濫了四十天，水不斷地往上漲，把方舟也漂了 起來。洪水來勢洶洶，淹蓋大地，方舟卻安穩地漂浮在水面上。 水勢愈來愈大，把地面各上的高山都淹沒了。最后，水面比山嶺還要高出二十二尺。世界上所有的生物，包括飛鳥、牲畜、野 獸、爬行的動物，以及人類都死了。在陸地上所有用鼻孔呼吸的 生靈全都死了。主就這樣毀滅了地上所有的生物，包括人、動物、地上的爬蟲，以及空中的飛鳥，只剩下挪亞和那些跟他同舟 的人和動物了。洪水淹蓋大地共達一百五十天之久。
上帝顧念挪亞和舟里的人和動物，就使強風吹掃大地，水便逐漸消退了。地上的洪流和天上的水源都關閉，雨也停了。于是，這樣過了一百五十天，水勢慢慢退下去了。到了七月十七日，方舟終于停擱在亞拉臘山上。水繼續消退，直到十月。在十月一日那天，高山的頂端都露出來了。
又過了四十天，挪亞打開方舟的窗子，放出一只烏鴉，它一直在空中盤旋，等候地面的水干了才好停。后來，挪亞再放出一只鴿子，用它來試一試水退的情形，可惜遍地仍然是水，鴿子找不到歇足的地方，就只有飛回方舟來了，挪亞就伸手把鴿子接過來，把它帶進方舟去。
又過了七天，挪亞再把鴿子放出去，到了黃昏，鴿子飛回來，嘴里銜著一片剛扯下來的橄欖葉，挪亞便知道水已經退了。再過七天，他又放出鴿子，這次鴿子不再回來了。
挪亞六百零一歲的那年一月一日那天，地上的水都退干了。挪亞開門觀望，地上的水退凈了。到了二月二十七日，大地全干了。于是，上帝對挪亞說：“你和妻兒媳婦可以出舟來了。你要把和你同在舟里的所有飛鳥、動物和一切爬行生物都帶出來，讓它們在地上繁殖滋長吧。 于是，挪亞全家和方舟里的其他所有”生物，都按著種類出舟來了。
挪亞筑了一座壇，把各種主認為潔凈的動物和雀燒獻給上帝。上帝嗅到這燔祭的香氣，心里就說：“我再不會因為人的緣故咒詛這地，雖然人從小就心存惡念，但我再也不會像先前一樣毀滅一切生物了。大地一息尚存，春播秋收，夏熱冬寒，白晝黑夜，必定循序不息。”
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