一、硬件管理方面
計算機是由硬件和軟件共同組成的，硬件是電算化會計信息系統的物質基礎，硬件出現故障，會導致系統中斷工作，軟件出現故障，會導致系統紊亂，所以各單位必須嚴格計算機管理。
（一）建立健全機房管理制度
建立健全機房管理制度，保證計算機及其相關設備的安全。機房內必須嚴禁煙火，必須安裝消防和報警設備；嚴禁超載用電，以防短路引發火災；保證電壓穩定，避免計算機在工作中突然斷電，或由于電壓不穩造成電算化會計系統運行停止，從而造成會計數據丟失；保持機房及計算機設備衛生清潔，采取必要的防塵措施，以防設備被磨損或損壞；監測機房內的溫度及濕度，避免溫度及濕度過高或過低，導致電算化會計信息系統的非正常運行。此外，還應采取一定的安全措施，防止計算機及其相關設備被人為破壞或被盜等，以保證整個會計電算化系統的正常運行，完成會計核算任務。
（二）建立計算機及其相關設備的定期檢查制度
建立硬件設備的保養、維護制度，做好硬件設備的使用、故障、維護的記錄及報告，發現問題及時解決；定期組織硬件管理人員及計算機操作人員學習相關的設備維護知識，經常利用設備的自檢功能檢查計算機及其相關設備的性能及運行狀況，以防設備突然發生故障而中斷電算化會計系統的運行。各單位不但要建立健全硬件管理制度，還應通過崗位責任制、獎懲制度等，激勵和監督該制度的有效實施與執行，以便及時排除不安全的因素，為計算機信息系統的運行創造良好的運行環境。
二、軟件管理方面
會計應用軟件是電算化會計信息系統的核心，整個電算化會計信息系統是在會計軟件支持和控制下進行會計工作的，軟件的安全程度決定了會計信息的風險程度。因此，必須加強會計軟件的管理，以確保會計軟件能安全、有效、正常地支持電算化會計信息系統的運行。
（一）慎重選擇會計軟件
慎重選擇會計軟件，保證會計核算工作合法、安全、正常地進行。隨著會計電算化的不斷發展，選擇商品化專業通用軟件成為會計電算化發展的`趨勢。在選擇會計應用軟件時，應該選擇已經通過財政部門測評的會計軟件。財政部門對這類軟件進行了較全面的功能測試，能夠保證會計核算工作的合法性、準確性，以及會計信息的真實性、有效性，并且這類軟件的開發公司具備較強大的技術支持，技術培訓、軟件維護、版本更新等售后服務較健全，保證會計軟件具有實用性。
（二）健全會計系統軟件的維護制度，防范會計風險
為保證電算化會計信息系統的安全、高效運行，應建立健全會計軟件維護的申請、審批、監督、驗收制度。維護申請經單位領導審批后，方可在有關人員的監督下進行軟件維護，并要做好維護記錄，維護完畢必須經過會計部門測試方可驗收，并提交驗收報告；維護申請、維護記錄、驗收報告須存檔保管，避免會計軟件被非法修改、刪除。另外，電算化會計信息系統的操作管理人員在對日常的軟件使用過程中發現的問題需要及時解決，或及時聯系軟件公司的專職維護人員，盡早排除系統故障，保證會計工作的正常進行。
（三）建立授權操作制度，實行崗位專人專職制度，避免越權操作
為防止無關人員非法進入系統進行非法拷貝、刪除、修改、破壞程序，造成會計數據丟失、混亂、泄密，引發會計信息風險，會計電算化系統的操作人員必須要嚴格保守口令密碼，并且要定期更換；操作人員操作完畢必須執行相應命令，完全退出系統，并做好上機記錄。
（四）加強技術和管理控制措施，防止計算機病毒侵入電算化會計信息系統
計算機病毒是我國電算化會計系統所面臨的急需解決的一個重要問題，它可以對系統造成破壞和干擾，導致會計信的丟失和被破壞。當前有效的反病毒措施包括技術措施，如安裝防病毒卡或防病毒軟件，以及一定的管理措施，如制定磁盤拷貝權限制度，防止未經檢測的磁盤介入系統。同時，禁止用財務專用的計算機上網或玩游戲，以防止病毒傳人系統，威脅系統的安全運行。
三、操作方面的管理
企業在計算機替代手工記賬后，應制定嚴格控制措施，為電算化會計信息系統的正常運行創造良好的環境。
企業應根據工作及人員情況，設專職或兼職人員負責會計電算化工作，定崗定員，保持相對穩定。企業必須對操作人員的上機、密碼和使用權限進行嚴格管理，建立相應的操作管理制度。與會計業務無關人員，沒有經過上機培訓人員不得作為操作人員。操作人員應嚴格按照操作規范使用計算機和財會軟件，發現問題及時上報，不得自行修改操作人員的密碼，應當嚴格保密，更換操作人員或密碼泄密后，必須及時更改密碼。
四、會計檔案方面的管理
電算化會計信息系統的檔案主要是指打印輸出的各種賬簿、報表、憑證、存貯會計數據和程序的軟盤及其它存貯介質，系統開發運行中編制的各種文檔及其它會計資料。傳統的會計檔案僅指保存在紙介質上的會計賬表憑證，隨著會計檔案存儲方式的改變，相應的會計檔案管理制度也應隨之改變。良好的會計檔案管理是在會計電算化后會計工作連續進行的保障，是電算化會計信息系統維護的保證，是保證系統內數據信息安全、完整的關鍵環節，也是會計信息得以充分利用和為管理服務的保證。
在電算化會計中，根據原始憑證直接在計算機上編制記賬憑證，再由計算機打印輸出在這種情況下，記賬憑證上應有錄入員的簽名或蓋章、復核的管理人員簽名或蓋章、會計主管人員的簽名或蓋章。收付款記賬憑證還應由出納人員簽名或蓋章，打印輸出的記賬憑證視同手工填制的記賬憑證。根據《會計人員工作規范》、《會計檔案管理辦法》的有關規定，計算機替代手工記賬后，企業會計賬簿、會計報表均由計算機打印輸出，并以書面形式保存，其保存期限按《會計檔案管理辦法》的規定辦理。
存有會計信息的磁性介質及其它介質，在未打印成書面形式之前，應妥善保管井留有副本，要認真定期檢查，做好防磁、防火、防潮、防塵工作。一般說來，為方便于利用計算機進行查詢及在電算化會計信息系統出現故障時進行恢復，這些介質都視同會計資料或檔案進行保存，直至其中的會計信息完全過時為止。會計檔案的保管實行權限分離制度，系統操作人員和程序開發人員不能兼任會計檔案保管工作，查閱會計檔案應辦理審批登記手續。
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