為配合國務院組織推動的財政集中收付制度改革，人民銀行參與設計并組織實施了國庫資金集中支付模式。但該模式下的“先付后收”的國庫資金支撥清算方式與“銀行不墊款”的支付清算原則存在沖突，不能得到集中支付代理銀行配合，導致國庫資金支付清算渠道不暢。建議引入國庫支票，實現真正意義上的國庫資金集中支付。
一、當前的國庫資金集中支付模式
財政選擇集中支付代理銀行，在代理行開立財政零余額賬戶和預算單位零余額賬戶。在此基礎上，國庫資金集中支付分為兩種情況：
一是直接支付。即由預算單位按批準的部門預算和用款計劃，向財政部門提出支付申請，財政部門審批后，向集中支付代理行簽發支付令（支付憑證），并同時向人行國庫發出支付信息和額度通知。集中支付代理行當接受財政簽發的支付令（支付憑證）后，無條件向收款人付款。
二是授權支付。由預算單位向財政部門提交月度用款計劃申請，經批準后，財政部門將預算單位的月度用款計劃額度通知集中支付代理行，并同時向人行國庫發出支付信息和額度通知。預算單位在月度授權用款限額內，自行一次或多次開出支付令（支付憑證），通知財政集中支付代理行向收款人無條件支付。
無論是財政直接支付模式，還是財政授權支付模式，代理行接到支付令后，根據與財政部門的《代理協議》先墊付資金無條件向收款人付款，代理行根據當日代理財政支付情況編制《申請劃款憑證》，通過同城清算向國庫申請劃款，國庫根據集中支付代理行提交的申請劃款憑證與財政發出的支付信息和額度通知，審核無誤后，將庫款劃撥到集中支付代理行財政零余額帳戶上，并通知財政部門款項已付，完成國庫資金支付全過程。
二、存在的主要問題
（一）該模式受到代理行會計核算制度限制而無法得到執行
根據“銀行不墊款”的支付清算原則，集中支付代理行自上而下的內控制度及會計核算系統不允許對公結算業務實行“先付后收”墊款支付方式在其核算系統中出現，因而在實際運作中，國庫資金支付并未按規定的模式進行。實際情況是，財政部門或預算單位簽發支付令（支付憑證）提交給集中支付代理行，集中支付代理行無法滿足預算單位墊款支付給收款人的要求，而是匯總當日財政和預算單位簽發的支付令（支付憑證）筆數和金額，編制《申請劃款憑證》，先向國庫清算資金，代理行實收國庫撥款資金后，才支付給收款人或收款單位。這樣導致憑證傳遞環節多，資金清算時間長，降低了國庫支付效率。
（二）資金清算行為游離于金融法規之外，日常監督缺位
在以《代理協議》約束財政與代理行之間的經濟行為的資金支付模式下，代理行不執行墊款支付行為，財政部門基于以后單位間的合作和情面，只要不出現資金損失，往往持放任態度，不予追究。人行國庫對代理行不執行墊款支付、延壓財政和預算單位支付令的行為因缺乏行政執法監督的依據也無法處理。
（三）財政資金支配權的讓與與法規相悖
《預算法》笫四十八條、《國家金庫條例》笫四條規定：各級國庫庫款支配權，按照財政體制和管理規定，分別屬于同級財政。集中支付清算模式下，《代理協議》將庫款支配權轉讓代理行，代理行憑其自己印鑒及制作《申請劃款憑證》支付財政部門開立在人行國庫的賬戶資金，庫款支撥權的轉讓與《預算法》、《國家金庫條例》不符，與《銀行結算辦法》的結算基本原則中“誰的.錢由誰支配原則”相悖。
（四）該模式與國庫會計核算要求不符
國庫會計是銀行會計的分支，在辦理銀行業務的同時，更多的是辦理財政預算收支業務，這就要求國庫會計憑證要素具有銀行資金清算和預算收支核算的雙重特性。代理行《申請劃款憑證》欄式的設計滿足銀行間資金清算特性，卻忽略了庫款支撥預算會計核算的要求，尤其是在一個財政賬戶中的多筆支出業務所涉及到預算支出的多個科目匯總的《申請劃款憑證》會計實務中，無法根據憑證欄式內容記載預算支出科目（類款項目）明細賬簿。實際做法是，憑《申請劃款憑證》的附件（申請劃款匯總清單）記載預算支出相關賬簿。憑證與附件本末倒置使用上的錯位，記賬憑證喪失了記錄經濟業務、明確經濟責任的書面證明作用。
（五）資金運行時滯催生第二國庫
為解決國庫資金清算在途時間長的問題，基層國庫、財政部門也采用了一些變通違規的做法，催生出“笫二國庫”：一是允許財政在代理行開立資金賬戶，將國庫資金調度到財政開立在代理行的賬戶上存放，作為代理行代理國庫支付的周轉金。二是默認零余額賬戶上存放余額的現實。目前，受清算瓶頸限制（縣級國庫是支付系統的間接參與者）和基層同城定時、定場次清算現狀的限制，在代理行不執行墊款支付的前提下，代理行每天營業終了前實收國庫撥入款項后，把國庫撥入款貸記財政零余額賬戶進行自身的會計賬務平衡，導致財政零余額賬戶存放余額。
三、借鑒國庫支票改進國庫資金集中支付模式
（一）國庫支票簡介
建立在實時清算基礎上的國庫集中支付制度在發達國家運行情況良好，其中美國以國庫支票為載體的國庫支付模式較為典型。國庫支票是由財政或預算單位簽發的、通過銀行進行支付的見票即付的支付工具。早在2003年，美國聯邦儲備委員會制定了《21世紀支票交換法案》，該法案將國庫支票納入支票管理序列。
為提高支票的清算效率，《21世紀支票交換法案》提供了一種全新的支付清算工具—替代支票。替代支票是國庫支票被截留后轉換成電子影像提示支票的紙質復制品，在法律上等同于被代收銀行截留的國庫紙質支票。替代支票由代收銀行制作并發往付款行（國庫），付款行（國庫）據替代支票上的支付信息借記出票人存款賬戶。其特點：不要求國庫支票必須歸位到付款行（國庫），無需國庫紙質支票傳遞而清算，促進代收銀行支票截留的發展，促使資金清算更加高效，確保國庫資金清算渠道順暢。
（二）采用國庫支票改進國庫資金集中支付
1、確立國庫支票的地位和用途。一是將國庫支票引入《票據法》管理范疇，在支票管理中增設國庫支票種類，可細分為國庫轉賬支票和國庫現金支票兩種。國庫支票除具備銀行支票八大要素欄外，增加國庫支票附加信息欄，便于簽發人記載支付款項的科目代碼和類型。國庫支票可以轉讓，但國庫對背書之真偽不負認定責任。二是以國庫支票取代財政直接支付憑證和授權支付憑證，將國庫支票確定為財政集中支付制度下直接支付或授權支付載體。
2、建立國庫支票使用的外部環境。一是國庫應成為支付系統的直接參與者（目前縣支庫仍為間接參與者），實現國庫資金實時清算，不受目前同城定時、定場次的清算模式制約。二是實行財、稅、庫、行橫向聯網，實現國庫支付信息和替代支票的橫向傳遞。三是取消代理行代理集中支付業務和財政預算單位零余額賬戶、預算單位零余額賬戶，實現真正意義上的國庫資金集中支付。
3、使用國庫支票完成國庫資金集中支付。一是財政將各預算單位的預算支出額度和預算單位的授權用款額度（或支付信息）通知人民銀行國庫，國庫據此監督財政支出。二是財政根據預算單位申請用款計劃或預算單位在財政授權用款額度內，直接簽發以商品供應商或勞務提供者為收款人的國庫轉賬支票或現金支票，收款人到其開戶的商業銀行辦理轉賬或提現業務。三是引入替代支票。商業銀行接收國庫支票后，制作成“替代支票”通過橫向聯網實時發往人行國庫。人行國庫據商業銀行發來的替代支票影像的提示支付信息進行審核，符合支付規定的，發出同意付款回執，國庫向商業銀行清算資金，商業銀行向收款人付款。國庫支票被拒付的，支票的收款人（或持票人）向支票簽發人行使追索權，要求支付。
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