臺灣大學的工作，真是千頭萬緒，傅斯年像一個飛轉的陀螺，從睜開眼上班，就這樣飛快的轉動，直到下班，也還沒有停下來，很多沒有做完的事還要拿回家里去做。他在美國看病出院時，美國大夫就告誡傅斯年，你回國后，不要擔任繁重的行政管理工作。否則，你的高血壓病會復發的。到那時后果將不堪設想。
1950年春天，因工作過于勞累，高血病復發，好不容易治好，夏天又得了膽結石，住院僅一周，便出院投入了緊張的學校工作。
1950年12月20日上午，傅斯年出席蔣夢麟主持的農復會的一次會議。會議主要討論農業教育，改進和保送臺大學生出國深造問題。會上，傅斯年提了不少意見。他有時用漢語發言，有時用英語與出席會議的英國人交談。
飯后，稍事休息，便趕往省議會廳，參加下午2點召開的省參議會第五次會議。參議員們就教育行政方面提出不少咨詢問題。有時傅斯年上臺回答參議員的問題，但多數問題由省教育廳廳長陳雪屏予以回答。這時傅斯年身體感到不適，面色蒼白，有頭昏目眩的感覺。因為晚上6點，邀請了機關有關人員在家里討論臺灣政府與臺大合辦“血清疫苗制造所”的事，在兩點多鐘時傅斯年曾打電話給秘書那廉君，讓他把傅斯年親自起草的合作條款送回家，并定一桌晚上鹿鳴春飯店的酒席。
此時，傅斯年感覺太累了，想休息一下，但沒有空閑。5點40分時，參議員郭國基開始提問有關臺大的問題。郭問：“政府從大陸搶運來放在臺大的器材是怎樣處理的?目前仍有很多學生難以入學，臺大是否可以放寬尺度，進一步擴大招生數量?”這個問題非得傅斯年回答不可，他走上講臺，來回答這個非常棘手的問題。因為招生尺度已經放寬，招生數量已達最大限度，但社會各界仍不滿意，以各種方式給學校增加壓力。
傅斯年回答說：“存放臺大的器材當然要遵照政府的意見處理。楊茹萍的貪臟盜竊案已告一段落，以后臺大將采取措施，嚴加防范，今后不會再有類似事件發生。至于臺大的招生人數，已是一增再增，遠遠超過了臺大的最大容納數量，師資、設備、學校宿舍等的使用都已達到最大限度，所以臺大放寬招生尺度，增加學生數量之事應放在這些基本辦學條件得到解決之后再議。”接著，傅斯年談起了他的辦學理想和辦學原則。‘賢士多出于貧寒之家，環境嚴峻才能鍛煉出人才來。學生用功了，尤其是窮學生用功了，社會風氣自然會好，社會秩序自然也會好起來。
傅斯年越講越激動，竟疾呼：“獎學金制度，不能廢止，對于那些資質好，肯用功的學生，僅僅因為沒有錢，而不能就學的青年，我是萬分同情的，我不能把他們摒棄于校門之外。
這是他滿臉的倦容一掃而光，只有崇高和圣潔。他高聲說道：“我們辦學，應先替學生解決困難，使他們有安定的生活環境，然后再要求他們用心勤學。如果我們不先替他們解決困難，不讓他們有安定的求學環境，而只要求他們認真讀書，那是不近人情的!”
在場的參議員被他的話打動了，大家一陣振奮，感到有這樣一位大學校長，教育有希望了。
6點10分傅斯年的話講完了。當他離開話筒的時候，感到頭昏目眩，走下講臺時，腳步凌亂，身子搖晃起來，臉色蒼白，如同白紙。陳雪屏趕緊上前攙扶。傅斯年手按前額，說“不好!
傅斯年倒在陳雪屏身上。他感到頭漲得老大，突然一根弦“蹦”的斷了，身子好像氣球一樣飄起來，他感到已飄到天空，他好像看見了老朋友陳布雷，又看到段錫鵬向他走來，他感到太累了，終于踏實地睡上一覺，他笑了。
大家看到傅斯年昏過去，便把他扶到列席座位上，讓他躺下。會議暫停。
參議員中的醫生劉傳來趕緊上前，給傅斯年診治，初步診斷是高血壓病復發。陳雪屏打電話通知臺大附屬醫院，并通知傅斯年夫人俞大綵。
稍后，陳雪屏讓傅斯年的司機楊國成開車回家去接夫人俞大綵。司機一見夫人俞大綵，連說：“不好了，校長不行了!校長昏倒了!”
俞大綵在秘書那廉君的攙扶下，上了汽車，驅車趕到省參議會。會議已經停開。傅斯年躺在幾把椅子臨時搭成的.床上。俞大綵俯身在傅斯年的耳邊，一遍遍叫他的名字：“孟真，孟真!”不管怎么喊，傅斯年已經聽不到了。俞大綵握著傅斯年還略有點溫暖的手，繼續呼叫他的名字。
這時臺灣大學附屬醫院院長魏火耀，臺大醫學院代院長葉曙，副教授王大杰都趕來了。王大杰診斷，傅斯年是腦溢血。于是立即采取搶救措施。俞大綵看了看昏迷中的傅斯年，又抬頭看看醫生及周圍的人，一種舉目無親的感覺涌上心頭。此時，四哥大維正在美國就醫，八弟大綱正在香港上班工作，六姐大紱任北大農學院院長，其他兩位姐姐在北京北大及燕大擔任英語教授，都不在自己身邊。
醫治方案拿出來，抽血降壓。效果并不顯著。
7點30分，國防醫學院院長盧致德及有關的專家四五人也趕到了。診斷結果一樣，于是繼續抽血。
前來探視的人越來越多，臺灣政界、學界的人都聞訊趕來了。朱家驊、羅家倫、陳誠、王世杰、何應欽等政府要人，李濟、董作賓、毛子水、英千里等臺大教授，也都趕來探視。
蔣xx也打來電話，詢問病情。并要陳誠每半小時報告一次傅斯年的病情。特別囑咐讓臺灣最好的醫生搶救傅斯年。
9點30分，傅斯年的血壓降到180毫米水銀柱，體溫也降到38度。大家松了一口氣。
晚11點，傅斯年的病情迅速惡化。血壓升到230毫米水銀柱，體溫升到40度。醫學專家們想拿出一套完善的搶救方案，但是已經來不及了。11點23分，一代學人傅斯年溘然與世長辭。終年54歲。
醫生宣布這一令人悲痛的消息。全場悲戚，有的哭出聲來。
午夜1時，天降滂沱大雨。傅斯年的遺體移到極樂殯儀館。朱家驊、王世杰、屈萬里等10余人，冒雨跟在靈車后面。
次日，臺灣大學宣布停課一天，以悼念傅斯年校長。
12月22日，傅斯年的遺體大殮。自早上7點，悼念的人流不斷。殯儀館的院子里、大廳里擠滿了人。里面有學者、政府要員、傅斯年的親友、史語所的同仁、臺大的學生。朱家驊、羅家倫、王世杰、蔣夢麟、錢穆、毛子水、陳誠、于右任等來了。于右任身體虛弱，只能拄杖前來。
10點30分，傅斯年的遺體送往火葬場。此時天仍下雨。披著黑紗的靈車在雨中緩慢前行，上千人在雨中為傅斯年送別，學生手拿小旗為自己的校長送行。小旗上寫著：“校長，回頭看看我們吧!”
12月23日，治喪委員會在臺大法學院禮堂舉行傅斯年追悼會。有5000余人參加追悼會，前來拜祭。各界送來挽聯、挽詩、挽詞、祭文、唁電難以盡數。蔣xx親臨禮堂祭奠傅斯年。
史語所的挽聯是：
廿二載遠矚高瞻，深謀長慮，學術方基，忍看一暝;
五百年名丗奇才，閎中肆外，江山如此，痛切招魂。
臺灣大學師生的挽聯是：
早開風氣，是一代宗師，吾道非歟?浮海說三千弟子;
忍看銘旌，飛滿天云物，斯人去也，哀鴻況百萬蒼生。
傅斯年的兒子，遠在美國的仁軌，得知父親的噩耗后，悲痛自不待言，但他堅強的寫信給母親俞大綵說：“……父親走完了他艱苦的旅程，現在是他靜靜安息的時候了。媽媽，不要傷心，不要流淚向人傾訴你心中的悲痛，更不要因家庭貧困，哭泣著向人乞憐。我們母子要以無比的勇氣，來承受這巨大的打擊，我們不需要別人的憐憫，而是要爭取人們對我們的尊敬。”
看來仁軌是長大了。
1951年12月23日，傅斯年逝世一周年。臺大為紀念傅斯年校長，特在實驗植物園內建造了一座羅馬式紀念亭，亭中用大理石砌成長方形墓一座，目前為無字碑和噴水池。園中有兵工署捐贈的紀念鐘一座，上面刻有傅斯年題的校訓：“敦品、勵學、愛國、愛人“，蔚為壯觀。
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