孔子殺少正卯的記載，最早見于《荀子。宥坐》，其文云：孔子為魯攝相，朝七日而誅少正卯。門人進問曰：夫少正卯，魯之聞人也，夫子為政而始誅之，得無失乎?孔子曰：居，吾語汝其故。人有惡者五，而盜竊不與焉。一曰心達而險，二曰行辟而堅，三曰言偽而辯，四曰記丑而博，五曰順非而澤，此五者，有一于人，則不得免于君子之誅，而少正卯兼有之。故居處足以聚徒成群。言談足以飾邪營眾，強足以反是獨立，此小人之桀雄也，不可不誅也。

　　《荀子》的記載可謂有聲有色，頗為生動，且是關于此事最早的材料，故司馬遷作《史記。孔子世家》便沿用此說，只是時間說得更為具體：定公十四年，孔子年五十六，由大司寇行攝相事，……于是誅魯大夫亂政者少正卯。荀子與司馬遷的說法，似乎言之鑿鑿，故而有一定的影響，至今一些有關孔子的著作仍采此說。但是對此有疑問者，也不為少，歸納起來，無非是這樣幾個方面：其一，懷疑論者認為孔子是主張“仁”的，“樊遲問仁。子曰：”愛人。‘“

　　(《論語。顏淵》)因此“季康子問政于孔子曰：”如殺無道，以就有道，何如?‘孔子對曰：“子為政，焉用殺?’”(《論語。顏淵》)可見孔子是反對為政殺人的，怎么會掌權僅7天就開殺戒呢?

　　其二，懷疑論者認為如果孔子真的殺了少正卯，這無論如何都是孔子一生中的一件大事情，但是為什么“少正卯之事，《論語》所不載，子思孟子所不言”呢?人們知道，《論語》是孔子門人及其再傳弟子集成的一部專門輯錄孔子及門人言行的書，對孔子的這件大事為什么只字不提?而子思是孔子之孫，孟子又是受業于子思的弟子，他們距孔子自然比荀子近，但是他們的著作《中庸》、《孟子》卻都沒有涉及此事，反而是距孔子少說也有250年的荀子首次披露了孔子誅少正卯的整個事件，荀子的根據又是什么?

　　其三，懷疑論者認為，據記載，魯定公十年(前500年)，齊侯與魯侯會于夾谷(今山東萊蕪縣境)，當使上卿相禮，其時孔子正作司寇，魯公因其知禮，故使他越次而使之，“謂之攝相”，這里的“相”，“即儐相之相”。《周禮》所謂接賓曰儐，詔禮曰相者，凡盟會壇站，必有一詔禮之官，而孔子為之“。(清。毛奇齡《經問》)因為戰國以前無”宰相“、”相國“之稱，故這里的”相“，絕非今言宰相之”相“。清。江永《鄉黨圖考》也云：”攝相乃是相禮“，而”相禮者，但襄一時之禮，與國政無涉也。……《史記》誤以相為相國之相“。(清。崔述《洙泗考信錄》卷二)既然孔子僅僅是曾經做過兩國交往的禮相，而他的職位雖為司寇，卻在季孫氏諸人之下，根本沒有誅殺大夫之權，怎么可能殺掉”魯之聞人“少正卯呢?

　　其四，懷疑論者認為《史記》的記載存在著矛盾：《史記。衛康叔世家》記衛靈公“三十八年，孔子來，祿如魯”，可見此時孔子已去魯至衛，但俸祿卻同在魯時一樣。衛靈公三十八年就是魯定公十三年(前497年)，定公十三年孔子已經離開了魯國。怎么會在第二年又去誅殺亂政的少正卯呢?此四疑，給肯定論者出了難題，但懷疑論者往往感到缺乏過硬的文獻資料作為佐證，故僅僅是提出疑問或推測，也自有不能服人處。

　　孔子是否殺了少正卯?這不是一個毫無意義的問題，后來的許多學者往往因為對這件事的不同看法而影響到對孔子其人及其思想的評價。