1．蜥蜴下頜骨的左右兩半以骨縫結合，不能活動，口不能張大。蛇的下頜骨左右兩半以韌帶相連，彼此間可拉開，這是蛇的口可以張得很大的原因之一。

　　2．蜥蜴一般具有四肢，即使四肢都退化無存的種類，其體內必有前肢帶（肩帶）的殘余。蛇一般不具四肢，即使有后肢殘余的種類，其體內也絕沒有前肢帶的殘余。

　　3．蜥蜴多具有活動的上眼瞼和下眼瞼，眼睛可以自由啟閉。蛇的上下眼瞼愈合為一透明的薄膜，罩在眼睛外面，看起來，蛇眼永遠是睜開的。

　　4．蜥蜴多數種類的舌頭都較寬大肥厚。蛇的舌頭都很細長，前端分叉甚深，基部位于鞘內，常通過口前端的缺刻處時伸時縮，借以搜集外界（主要是食物）的“氣味”分子，送入鋤鼻器產生嗅覺。

　　5．蜥蜴一般都有外耳孔，即使沒有，也可從外表看出鼓膜的所在。蛇沒有外耳也沒有鼓膜，所以外表上看不出聽覺器官的痕跡。

　　6．蜥蜴的尾巴都較長，一般約等于（或僅略短于）頭體長，或為頭體長的2—3倍。蛇的尾巴相對較短，為體長的1/2到1/4（即尾長占全長的1/3—1/5）。