作者之謎——
關于《紅樓夢》的作者，已爭論了200多年，現在公認的說法是清代文學家曹雪芹。但也有人認為是曹雪芹在石兄《風月寶鑒》的基礎上改寫而成的，還有的說“曹雪芹”是“子虛烏有”，不過是“抄寫勤”的諧音。但是石兄是誰？抄的又是何人之作，一直也沒有人得到確切的考證。而從目前已有的文獻中可以說明：曹雪芹創作《紅樓夢》不僅書中有交代，與他同時代人的詩文筆記中也有許多記載。但在《曹氏宗譜》里又沒有他的名字，他的家世生平也有許多不解之謎。
背景之謎——
《紅樓夢》到底寫的是哪個朝代的事情，作者在書中沒有做具體的交代，于是許多研究者通過對書中有關服飾、發型、官職、陳設、稱呼的描寫，反復推論，并得出各自的結論。有人認為是明朝，有人認為是清朝，并具體到康熙和乾隆年間。還有人持“非明即清”的觀點，認為故事不是發生在明朝就是清朝。其實作者在書中已借用空空道人之口說出“無朝代可考”，也就是有意留下一個懸念，成為千古之謎。
主題之謎——
有關《紅樓夢》的主題，至少有五種說法。一種認為《紅樓夢》是政治小說，反映一段不可言明的“歷史問題”；一種認為是愛情小說，講述了寶、黛、釵的三角戀情；一種認為是曹雪芹的自傳，是一部不可明傳的“家史”；一種認為是作者發泄不滿的憤世之作；還有一種認為是虛幻小說。從《紅樓夢》誕生至今，對其主題思想的爭論一直沒有停止過，成為一個最難解的謎團。
寫作地點之謎——
《紅樓夢》寫于何處，也是紅學界爭論不休的焦點，目前比較通行的說法是北京西郊，并涉及海淀區的健銳營正白旗、紅旗村、白家疃、杏石口、南辛莊、門頭村等地，但具體位置很難確定。1971年4月居住在香山正白旗39號的舒成勛，維修房舍時，在西耳房的西山墻上發現了一批詩文墨跡，和有關曹雪芹的傳說相合，并引起史學界、紅學界、文物界的關注，經過考證，有人認為這里是曹雪芹晚年居住和寫作《紅樓夢》的'地方。但也有相當多的人持懷疑態度，他們逐條考查了題壁詩的出處，得出都是轉抄古書中的結論。盡管被稱為“曹雪芹紀念館”，但并不為一些紅學研究人士所認可。
后四十回之謎——
最為流行的說法是曹雪芹只寫了前八十回，后四十回是由高鶚增補的，其結局并不是《紅樓夢》本來的面目。也有人認為曹雪芹已寫完了一百二十回，只是后四十回沒有最終定稿就去世了，高鶚只不過簡單整理了一下，人們在傳抄時便署上了他的名字。此外還有“一百零八回”之說和“一百一十回”之說。但曹雪芹究竟寫了多少回呢？恐怕永遠也不得而知。
大觀園之謎——
大觀園是《紅樓夢》人物活動的主要場所，仿佛是一座迷人的世外桃源。然而紅學家對這塊樂土位于何方，也有幾種針鋒相對的意見：一種認為大觀園“明北實南”，也就是說作者寫的是北京，而他心里要寫的是金陵。并且具體指出大觀園就是現在的南京利濟巷大街的原清朝江寧織造署衙門遺址。另一種認為大觀園“北主南從”，主要寫北京，間接描寫了一些江南的景觀。有人甚至明確指出大觀園就是北京什剎海李廣橋附近的舊恭王府。近年來又有人考證，說大觀園是以圓明園為藍本寫成的。但作者到底以何處景致為原型而寫，也成為無解之謎。
脂評作者之謎——
在《紅樓夢》之中，有很多眉批、夾批、回前回后批，這些批語的批者署名多為脂硯齋等。這位脂硯齋是何許人也？紅學家對此各持己見。有人認為是曹雪芹之叔父曹顤。有人認為是曹雪芹的堂兄弟，有人認為是曹雪芹本人，自己邊寫邊批，有人認為是曹雪芹的好友敦誠和敦敏，還有人說是曹雪芹的續妻，即《紅樓夢》中的史湘云。諸如此類，難以說得明白。時至今日仍有研究者，在不斷研究探索。
人物數量之謎——
《紅樓夢》中到底寫了多少人物，眾說紛紜，至今也沒有一個確切的數字。從清嘉慶年間開始，就有人做過統計，但公布的數目不一。近年來還有人動用電腦進行統計，可統計出的數字也不一致。比較被人認可的統計是975人，其中有姓名稱謂的732人，無姓名有稱謂的243人。
主人公命運之謎——
高鶚的續書最后寫賈寶玉懸崖撒手，出家當了和尚，但有人認為這不是曹雪芹所描寫的結局。有人認為賈寶玉翻然悔悟，重新做人；有人認為賈寶玉最后潦倒而死；有人認為賈寶玉經過寒窗之后，金榜題名；有人認為賈寶玉路遇高人，隨行而去。至于民間所流傳的“版本”就更多了，這也成為《紅樓夢》的謎團之一。
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