和同治帝一樣，光緒帝正當盛年時卻突然死去，成為慈禧垂簾聽政之下的第二個犧牲品，而且他的死與慈禧的死僅相差一天。因而，關于他的死因也就引起了世人的種種猜測。

　　第一種觀點認為光緒是患重病而死。在廢立風波中，光緒依舊做他的皇帝，但他的實權卻丟了，精神也備受打擊。光緒帝重重的顧慮極大地影響了他的健康。另外光緒帝自幼孱弱，脾胃素來虛弱。光緒雖貴為天子，卻連一個孤兒也不如。據宮中太監寇連材日記說，當時宮中人受各種限制，不能親近光緒。惟有西太后可以親近他，而她當時驕奢淫逸，對光緒的生活根本不管。小皇帝每天有數十種菜，但菜皆不能入口。光緒要加菜，御膳房必先告知太后，慈禧必然責備他鋪張浪費，不懂節儉，光緒只好從小挨餓。

　　光緒在這種情況下，很容易患上重病。《清德宗實錄》、《清史稿》、《光緒朝樂華錄》等都說光緒久病體虛，至光緒三十四年病入膏肓，最后駕崩，但這些均為官方文件，可信度不一定高。

　　第二種說法最為流行，說是慈禧謀害了光緒帝。持這種觀點者認為光緒雖然長期被囚，保皇黨卻極依靠他。慈禧自己身體健康，能執政時，百般折磨光緒。晚年，她力不從心了，便想害死他。當時因擔任起居注官而能接近光緒的惲毓鼎，寫了一部《崇陵存信錄》(又名《光緒外傳》)，記錄了光緒臨死前的狀況：光緒三十四年(公元1908年)秋忽然傳出病重消息，召京外名醫入宮診視。診脈時，光緒靜靜地把雙手置案上，自己寫出病情。入診者都說光緒身體尚健。十月初十，逢慈禧萬壽節(生日)，光緒出瀛臺，替太后祝壽，有人看見他為準備跪拜而活動筋骨。十九日，宮廷大亂，增加侍衛，稽查出入，傳言光緒駕崩。次日，宮中恢復了寧靜，午后，傳載灃監國、溥儀入宮教養之命。二十一日，皇后入瀛臺探視，光緒早已氣絕身亡。太后聞此，僅嘆息幾聲。

　　在這則記錄里，惲毓鼎實際上暗示慈禧害死了光緒。而且，慈禧宣布光緒病重，和百日維新后廢立風波之做法一樣。惲氏長期任起居注官，他的話具有一定的可信度。

　　而曾在宮中擔任女官的德齡女士，則在《清宮二年記》等書中，明確地指明正是李蓮英下毒害死了光緒。

　　以上三種說法都是言之鑿鑿，但是清宮太監回憶錄《清宮瑣談》則說光緒實則死于饑餓。據載，光緒本無大病，諸醫開方皆以平和之劑為藥，然而，太監們在光緒死前已得到光緒駕崩的消息。當時，在瀛臺侍疾者共六名，其中二人餓死，剩下幾人食不果腹，“因餓失血者又凡三人”。光緒死前，在床上召喚醫生周某，他兩眼瞪大，四次用手指口，周某知帝餓急，但實在是沒有吃的，就連他本人也三天未進食了。后來，光緒便漸無聲息了。不久，醇親王入見，周報告說皇上已去世，醇親王用鏡子試皇上氣息，確信其已死亡，于是匆匆而去。一會兒，皇后趕來探視，隨后便把皇上駕崩的消息公之于世。

　　在這幾種說法里，究竟哪種說法的可信度更高一些，讓人難以取舍。光緒帝之死與同治帝之死一樣，成為清宮內又一未解之謎。