大海邊上有個村莊，那里的人們靠種地為生，從不捕魚。因為他們堅信著有海妖，而且據說千樹子的姥爺就是被海妖卷走的。
這一年，村子里莊稼收成不好，千樹子不顧海妖的傳言下海了。幸運的是她捕到了一條魚。
“請不要吃我。”魚竟然開口說話了。千樹子被嚇了一大跳。
“我送你一件東西，你放我回海里吧。”魚從嘴里吐出一顆魚形狀的種子，“取365滴海水，種下這棵樹，以后你們家就不愁吃穿啦。”魚說完，趁著千樹子還沒回過神來，溜出了漁網。
給姥姥的魚沒了，這可怎么辦?千樹子只好照著魚的吩咐，在家門前的一塊空地將樹種下。
樹長得可真快，轉眼就成大樹啦，結了一條一條魚，還活蹦亂跳的。千樹子真是驚呆了，摘下一條魚一吃……哇，好香。吃下這些魚的千樹子和姥姥開心得不得了。真是一棵寶貝樹呢。
就在那個晚上，千樹子望著這棵樹發呆的時候，一位少年從樹干中走了出來。
千樹子吃驚地問：“你是樹妖吧?”
少年笑了笑，“我是人，我叫吉良。”
千樹子更吃驚了：“那你怎么會在樹里呢?”“這可就說來話長啦。”
原來，有一天吉良去海邊釣魚時，被釣到的一條魚扯進海里……醒來的時候就在魚肚子里了。
那里真是一個童話世界，貝殼和珊瑚(shān hu)都能說話和走路，小蝦小魚們也都穿著衣服……
最初吉良被迷住了，時間久了，吉良才慢慢回過神來，父母現在一定在四處找他，該多焦急啊!可怎么回去呢?
吉良抓到一只海馬，“告訴我怎么才能離開這里?”海馬感到很驚訝，它像剛醒過來一樣。“啊，我在魚肚子里!原來媽媽告訴我的是真的。來到這里的人都會一直沉睡在夢中，醒不來。”接著海馬又說，“你去找一條胡子長到天上去的小丑魚，請求它把你變成一顆魚樹的'種子。如果有人把你變的種子種出來，你就會得救……”
吉良太高興了，沒等小海馬說完，就去尋找胡子長到天上去的小丑魚了……
就這樣，吉良變成了一顆魚樹種子被千樹子種了出來。可吉良發現，即便被種了出來，還是只能待在樹里，跟在魚肚子里沒有什么分別。
千樹子說：“我一定要找到救你的方法。”
說完，千樹子就去尋找那條胡子長到天上去的小丑魚。
千樹子在海里游啊游，突然被一片銀色的網給網住了，這時胡子長到天上去的小丑魚竟出現在她面前。原來這網就是小丑魚的胡子織成的。
千樹子一刀割下小丑魚的胡子。一道白光閃過，小丑魚竟然變了模樣。
居然是千樹子的姥爺!原來姥爺變成了胡子長到天上去的小丑魚，活在大海的夢中了。姥爺醒過來了，他認出了千樹子，很激動……千樹子說明來意后，他帶著千樹子去到海底的熔(rong)爐，把胡子丟進去，巖漿(jiāng)立馬就凝固了，變成一塊金光閃閃的刻著字的石頭。可千樹子看不懂。姥爺說：“帶給吉良看，只有他能看懂。”
回到村莊，千樹子把石頭交給了吉良。
終于找到變回人的方法啦!吉良高興地讀了出來：“需要一個姑娘，剪一段頭發，用珊瑚染色，埋在魚樹根下，詠唱大海的歌謠。”
千樹子的鄰居美慧子聽到了，她一直知道吉良的存在。當天晚上，美惠子就偷偷地這樣做了。
第二天早上千樹子醒來，發現魚樹不見了。
姥爺走過來說：“吉良離開了，是美惠子救了他……魚樹的種子必須跟救他的人在一起，這是誰也無法挽回的事。”
千樹子就像做了一場夢，她望著大海，用竹笛吹著曲子，眼角有淚水輕輕流淌。這曲子里有著說不盡的悲傷，隨風飄遠。
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