藤野嚴九郎生于日本福井縣，世代為醫(yī)，藤野嚴九郎是藤野家第六代醫(yī)生。他生于1874年7月1日，9歲時父親亡故，由大哥二哥撫養(yǎng)。嚴九郎排行老三。他在讀小學時，同時跟酒井藩校教師野坂先生學習過漢學。1892年4月，從福井學校中途退學，進入愛知醫(yī)學校，1896年10月畢業(yè)，留校作解剖學教師奈良坂的助手。1897年5月，得到醫(yī)生開業(yè)證明書。同年7月后，在東京帝國大學醫(yī)學院學習解剖學一年。1901年10月，藤野應聘到仙臺醫(yī)專任解剖學講師，其時藤野剛剛滿27歲。他和敷波重次郎教授擔任一年級的解剖學理論，他還擔任二年級的解剖實習和局部解剖學。一年級的專業(yè)課只有解剖學，一年級的正副班主任大體上照例由敷波和藤野擔任。班主任管理的范圍很廣，據當時仙臺醫(yī)專規(guī)定，諸如學生的學習態(tài)度、學生的管理教導、出席情況、考試成績的統計以及教室的`整理和保管，都由正副班主任負責。

　　1904年7月6日，即大約魯迅到仙臺前兩個月，藤野由講師升為教授。

　　藤野生活樸素，當時教授上課，來回都坐人力車，而藤野則是步行，他住在空堀町，離仙臺醫(yī)專有步行三五分鐘的距離。魯迅離開仙臺前曾到他家去過，他送給魯迅一張照片，背面寫上：“惜別藤野謹呈周君?！濒斞笧榱税参刻僖埃室庹f：“我想去學生物學，先生教給我的學問，也還是有用的?！睋f后來藤野跟侄子藤野恒三郎說過：“周君是個好學生……但不是當醫(yī)生的人?？磥硎菫檠芯可飳W才學生理學和解剖學的。”恒三郎說，聽藤野先生的口氣，他是相信了魯迅分別時為安慰他而說的想學生物學的話。

　　1911年，東北帝國大學成立，1912年仙臺醫(yī)專并入，成為東北帝大醫(yī)學部，所有校舍、教職員、學生原班未動。1915年決定成立東北帝國大學醫(yī)科大學，藤野因學歷不夠，被迫于6月底提出“請求免職”，7月1日降為臨時講師，8月9日被解除講師職務。

　　藤野因生活關系，認為可以搞一搞耳鼻喉的工作，到東京三井公司的慈善醫(yī)院就業(yè)。1919年回故鄉(xiāng)自立診所，1945年在福井逝世。

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