藤野嚴(yán)九郎生于日本福井縣，世代為醫(yī)，藤野嚴(yán)九郎是藤野家第六代醫(yī)生。他生于1874年7月1日，9歲時(shí)父親亡故，由大哥二哥撫養(yǎng)。嚴(yán)九郎排行老三。他在讀小學(xué)時(shí)，同時(shí)跟酒井藩校教師野坂先生學(xué)習(xí)過漢學(xué)。1892年4月，從福井學(xué)校中途退學(xué)，進(jìn)入愛知醫(yī)學(xué)校，1896年10月畢業(yè)，留校作解剖學(xué)教師奈良坂的助手。1897年5月，得到醫(yī)生開業(yè)證明書。同年7月后，在東京帝國大學(xué)醫(yī)學(xué)院學(xué)習(xí)解剖學(xué)一年。1901年10月，藤野應(yīng)聘到仙臺(tái)醫(yī)專任解剖學(xué)講師，其時(shí)藤野剛剛滿27歲。他和敷波重次郎教授擔(dān)任一年級(jí)的解剖學(xué)理論，他還擔(dān)任二年級(jí)的解剖實(shí)習(xí)和局部解剖學(xué)。一年級(jí)的專業(yè)課只有解剖學(xué)，一年級(jí)的正副班主任大體上照例由敷波和藤野擔(dān)任。班主任管理的范圍很廣，據(jù)當(dāng)時(shí)仙臺(tái)醫(yī)專規(guī)定，諸如學(xué)生的學(xué)習(xí)態(tài)度、學(xué)生的管理教導(dǎo)、出席情況、考試成績的統(tǒng)計(jì)以及教室的`整理和保管，都由正副班主任負(fù)責(zé)。
1904年7月6日，即大約魯迅到仙臺(tái)前兩個(gè)月，藤野由講師升為教授。
藤野生活樸素，當(dāng)時(shí)教授上課，來回都坐人力車，而藤野則是步行，他住在空堀町，離仙臺(tái)醫(yī)專有步行三五分鐘的距離。魯迅離開仙臺(tái)前曾到他家去過，他送給魯迅一張照片，背面寫上：“惜別藤野謹(jǐn)呈周君。”魯迅為了安慰藤野，曾故意說：“我想去學(xué)生物學(xué)，先生教給我的學(xué)問，也還是有用的。”據(jù)說后來藤野跟侄子藤野恒三郎說過：“周君是個(gè)好學(xué)生……但不是當(dāng)醫(yī)生的人。看來是為研究生物學(xué)才學(xué)生理學(xué)和解剖學(xué)的。”恒三郎說，聽藤野先生的口氣，他是相信了魯迅分別時(shí)為安慰他而說的想學(xué)生物學(xué)的話。
1911年，東北帝國大學(xué)成立，1912年仙臺(tái)醫(yī)專并入，成為東北帝大醫(yī)學(xué)部，所有校舍、教職員、學(xué)生原班未動(dòng)。1915年決定成立東北帝國大學(xué)醫(yī)科大學(xué)，藤野因?qū)W歷不夠，被迫于6月底提出“請(qǐng)求免職”，7月1日降為臨時(shí)講師，8月9日被解除講師職務(wù)。
藤野因生活關(guān)系，認(rèn)為可以搞一搞耳鼻喉的工作，到東京三井公司的慈善醫(yī)院就業(yè)。1919年回故鄉(xiāng)自立診所，1945年在福井逝世。
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