（一）必須明確醫院發展目標，制訂中長期發展規劃
預算管理是在醫院發展目標和中長期規劃的指導下，將年度計劃和業務指標進行量化分解，據以執行、考核的管理方法，在沒有明確的發展目標和規劃下去執行預算管理，其效果如何是可想而知的。因此醫院應當在對內外部醫療市場環境進行充分的調查分析后，確定醫院發展目標，這些目標包括業務發展、研究發展、醫院形象等。明確醫院發展目標后，醫院應當制訂切實可行的醫院中長期發展規劃（通常是三年、五年規劃），通過中長期規劃來逐步實現醫院的發展目標。
（二）要有完善高效的預算管理組織體系
醫院開展全面預算管理工作離不開制度保障，而全面預算管理的實施更需要一套完整的、高效的自上而下的組織架構。預算工作組織通常由預算管理委員會、預算執行與控制部門和各責任中心構成。醫院成立預算管理委員會，統一組織、管理、協調全面預算工作。預算管理委員會對院長負責。由于全面預算管理是以財務預算為核心，因此預算管理委員會辦公室設在財務部（科），負責預算管理的具體事宜。醫院各相關職能部門對預算實行歸口管理，各責任中心負責預算的實施。組織體系是否健全、在醫院管理中是否具有實質性作用對醫院全面預算管理能否成功具有高度的相關性。
（三）應當建立一套完整的預算制度
為保證全面預算管理工作的順利實施，醫院在廣泛聽取院內各部門意見和調研的基礎上，結合實際制訂了《全面預算管理制度》及相關細則，將其作為指導醫院全面預算管理工作的綱領性文件。在制度中詳細規定了全面預算管理的基本任務、基本原則、組織體系、編制流程與方法、預算內容與編制依據、預算的執行與控制、預算的調整、預算執行的分析考核和激勵等方面的內容，從而使全面預算管理工作有章可循。
（四）編制預算要保證較高的準確性
預算的準確性（相對準確）是預算管理中的關鍵問題。預算在管理中的主要職能有四個方面：優化資源配置、協調整體行動、控制醫院經營、考核部門業績，準確的預算為完成這些任務提供了參照尺度，一旦喪失準確性，上述職能的發揮都將受到極大的限制。出現偏差的原因主要有市場因素的不確定性、管理者的素質、預算組織和方法、激勵方案等。
提高預算準確性應從多方面入手：
1．要保證業務預算編制的準確性。
業務預算是反映預算年度內醫院可能形成現金收付（現行醫院會計核算制度沒有現金流量的概念，可參照企業會計制度中的規定）的經營活動的預算，一般包括收入預算、支出預算、材料采購預算、人工預算、期間費用預算等，業務預算是全面預算管理的起點和基石，其準確性直接關系預算管理的效果，因此編制較為準確的業務預算必須對醫院進行充分調查，了解醫院內外的相關信息，把握市場動態和內部技術進步等因素，與有關部門密切協作，編制出既符合實際又易于實行的業務預算。
2．加強預算管理分析。
要根據年度預算計劃，分解編制月度預算，建立月度分析制度，定期召開預算執行情況討論會，總結預算執行過程出現的問題，對偏差的預算進行修正。對預算修正的動因主要是由于市場環境、經營條件、政策法規等發生重大變化，從而使預算編制的基礎不成立或者將導致預算執行結果產生重大偏差。預算修正應當經過必要的批準程序，對年度預算的修正次數不宜過多，否則預算就會失去管理意義。
（五）預算管理要以現金流管理為核心
現金流是企業的“血液”，一旦現金流出現問題，企業立刻就會陷入經營困境，嚴重的甚至會倒閉和清算，相關的實例并不少見。醫院方方面面的經濟活動如設備物資藥品的采購、職工報酬的發放、后勤服務支持等都離不開現金，因此現金流同樣也是醫院的“血液”，現金流管理對醫院預算管理來說是至關重要的。
現金流管理不是簡單的讓院長在每張報銷單據上簽字，然后醫院財務部門再報銷支付現金。現金流管理的內容包括現金預算管理、現金的流入與流出的管理、現金使用效率管理和現金結算管理等，比日常現金管理的范圍要大。現金預算是按照現金流量表（未編報現金流量表的醫院應當參照企業會計規定增加本表）主要項目內容編制的反映預算期內一切現金收支結果的預算，要根據經營性活動凈現金流量的要求并以業務預算、資本預算和籌資預算為基礎，來組織有關現金收支的.匯總。各預算責任單位應當強化現金流量的預算管理，按時組織預算資金的收入，嚴格控制預算資金的支付，特別是經營性活動現金流入和流出，調節資金收支平衡，切實防范和有效化解財務風險。
（六）嚴格控制資本預算
資本預算是在預算年度內進行資本性投資活動的預算，主要包括固定資產投資預算、權益性資本投資預算和金融投資預算，醫院通常是指固定資產投資預算。資本性投資的特點是投資額大、項目建設期長、占壓資金多、資金使用成本高、回報不確定性大，常因建設資金不足而擠占醫院正常的經營流動資金，為醫院日常運營埋下隱患。
預算時應當遵循的基本原則是投資項目必須符合醫院發展戰略和中長期規劃的需要，必須進行全面的科學論證，并根據自身實力量入為出，對投資項目不得留有資金缺口。預算年度內資本性項目借款的還貸額，應當作為資本支出納入預算；預算年度內的固定資產折舊應當作為固定資產投資來源納入預算。固定資產投資預算應當根據有關投資決策資料和年度固定資產投資計劃編制。
（七）預算的考核與激勵
對預算執行效果進行評價是全面預算管理的重要環節，這其中涉及到的利益關系直接影響到預算管理的效果，因此設計一套科學的考核方法與激勵措施對構建一個科學有效的預算管理體系來講至關重要。
1．考核指標的選擇
由于全面預算管理的內容較多，難以全面考核，考核指標過多容易使考核效率低下，因此應當選擇有代表性的指標來考核預算執行效果，應同時兼顧財務指標和非財務指標，財務指標主要有業務收入完成情況、利潤完成情況、藥品收入比例、資產負債率、收入利潤率等，非財務指標有門診人次增長率、住院病人增長率、床位周轉率、平均住院天數、門診平均收費水平、出院病人平均醫藥費等。
2．激勵機制
全面預算管理要依據預算考核結果建立相應的預算激勵制度，明確的預算激勵機制可以有效的發揮預算執行者的積極性激勵他們努力工作，提高工作效率，全面完成預算指標。如果激勵制度不完善，往往會使預算指標喪失約束作用，甚至會使整個預算工作失去應有的功效。當然，醫院在制訂激勵制度時，應當在國家有關薪酬規定的框架內結合自身實際情況進行。
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