拓跋珪到晚年時，與部落貴族的爭殺白熾化?？謶?、不安和過度的緊張使得拓跋珪病重多疑，精神失常。史書記載“初，帝服寒食散，自太醫(yī)令陰羌死后，藥數(shù)動發(fā)，至此逾甚。而災變屢見，憂懣不安，或數(shù)日不食，或不寢達旦。歸咎群下，喜怒乖常，謂百僚左右人不可信，慮如天文之占，或有肘腋之虞。追思既往成敗得失，終日竟夜獨語不止，若旁有鬼物對揚者。朝臣至前，追其舊惡皆見殺害，其余或以顏色變動，或以喘息不調，或以行步乖節(jié)，或以言辭失措，帝皆以為懷惡在心，變見于外，乃手自毆擊，死者皆陳天安殿前。于是朝野人情各懷危懼。有司懈怠，莫相督攝;百工偷劫，盜賊公行，巷里之間人為希少”(《魏書·太祖紀》)。拓跋珪成了名符其實的孤家寡人。北魏政局，岌岌可危。此時，唯獨吏部尚書崔宏之子、著作郎崔浩恭敬殷勤，不稍懈怠，有時整日不歸家。崔宏也小心謹慎，既不得罪，又不獻媚取寵，故父子安然，得以免禍。

　　天賜六年(409)七月，在魏國的百余家慕容氏密謀逃走，拓跋珪知道后，將其全部殺死。在穆崇死后感到勢單力孤的拓跋儀，見拓跋珪有疾，多殺大臣，便自疑出逃，拓跋珪將其追回，并于八月賜死。之后，拓跋珪又借口這年“天文多變”，準備殺死與拓跋儀有牽連的諸王子弟三十余人。

　　十月，拓跋珪立長子齊王拓跋嗣為太子。在魏國，凡是被立為太子的，都要先殺其母，以免其干政。但拓跋嗣為人孝順，哀泣不自勝，拓跋珪為此大怒。拓跋嗣回到住處，日夜號泣，拓跋珪知道后，又召其入見。拓跋嗣的部下對他說：“孝子事父，小杖則受，大杖避之。今陛下怒盛，入或不測，陷帝于不義。不如且出，待怒解而進，不晚也”(《魏書·太宗紀》)。拓跋嗣于是出外躲藏。

　　當初，拓跋珪到賀蘭部，其母賀氏之妹甚美，便想納為己有。賀太后說：“不可。是過美，必有不善。且已有夫，不可奪也”。拓跋珪未聽，派人暗中將其夫殺死，然后納為妃子，并生清河王拓跋紹。拓跋紹為人兇很無賴，游手好閑。拓跋珪對其非常不滿，曾將其倒懸在井中，直到快死時，才拉上來。拓跋嗣也為此經(jīng)常屢責備他，拓跋紹因此與拓跋嗣不合。

　　十月戊辰(即公元409年11月6日)，拓跋珪譴責賀夫人，并將其囚禁，準備處死，因天黑推遲未決。賀夫人秘密通信給兒子拓跋紹，要他來救。深夜，拓跋紹帶領著私人衛(wèi)隊，由宦官引路跳越宮墻闖入拓跋珪的臥室。睡夢中的拓跋珪驚醒，沒有找到自衛(wèi)的武器，便被拓跋紹亂刀砍死，終年只有三十九歲。不久，拓跋嗣回宮，處死賀夫人和拓跋紹，即帝位，史稱明元帝。永興二年(410年)九月，拓跋嗣追謚拓跋珪為宣武皇帝，葬于盛樂金陵，廟號太祖。泰常五年 (410年)，改謚為道武帝。