根據財政部《關于印發<深入開展貫徹執行中央八項規定嚴肅財經紀律和“小金庫”專項治理工作方案>的通知》（財監[2014]19號），該辦對中國科學院貫徹執行中央八項規定嚴肅財經紀律和“小金庫”專項治理情況進行了檢查。針對中國科學院系統大、單位多的特點，該辦明確了“以點帶面，重點突出，有的放矢，確保成效”的工作思路，三個小組明確分工，保證了檢查工作順利完成。

　　一是科學選取抽查單位。按照檢查工作要求，該辦在全面了解中國科學院管理體制、所屬單位規模以及近年來外部審計和內部審計情況的基礎上，選取了6家單位進行重點檢查。

　　二是結合實際明確重點。一是從預算、資產、財務三個方面入手，全面檢查中國科學院系統財務和機關財務。即排查預算編制的真實性和完整性，預算執行的合理性，科目列支的合規性。全面清理所屬資產，檢驗固定資產管理部門是否職責明晰，財務部門記錄的資產與資產管理部門管理的資產是否相符，資產的使用和處置以及對外投資是否規范。對照有關財務制度檢驗財務管理制度是否科學、健全；收支信息是否如實在帳內反映；“三公”經費、津貼補貼、項目資金等方面的開支有無違規問題；賬戶管理是否合規等。二是以科研經費為重點，檢查中國科學院高能物理研究所和中國科學院植物所。對照結題課題，選取國家重大專項課題，排查項目申報程序是否規范，科研資金使用情況是否合規，課題結余資金管理是否符合要求。三是以資產管理為重點，檢查中國科學院行政管理局，重點排查資產登記、資產出租出借以及資產處理等方面的問題。

　　三是嚴守廉政紀律。檢查期間，該辦檢查組始終繃緊廉政建設這根弦，強調“打鐵要靠自身硬”，認真貫徹落實中央的八項規定，嚴格執行《中央和國家機關差旅費管理辦法》，堅持集中住宿，集中吃飯（全部集中在中科院機關食堂就餐），樹立了財政部專員辦良好的執法形象。同時，在檢查工作中顧全大局，服從安排，加班加點，連續奮戰17天；遇到問題及時向部監督檢查局請示匯報，在財政部的統一指導下，明確檢查思路和檢查重點；嚴格按照《財政檢查規則》，制作工作底稿，通報交換意見，起草了征求意見函，擬定了處理決定初稿。