1916年1月，蔡元培撰寫的《石頭記索隱》開始在《小說月報》連載，次年由商務印書館結集出版，一時坊間熱傳而多次再版，至1930年已出至第十版。蔡元培認為，《石頭記》，也就是《紅樓夢》一書，旨在排滿，是一本宣傳復明滅清之作，并進一步將小說中的人物與歷史人物對號。在他看來：“《石頭記》之為政治小說，絕非牽強附會”。

　　1921年，胡適發表了《紅樓夢考證》一文，批評蔡元培的《石頭記索隱》是“大笨伯”猜“笨謎”，為此他列舉了大量史料，論證曹雪芹是《紅樓夢》的作者，《紅樓夢》是曹雪芹家世自述，進而倡導建立科學研究的新紅學。但是，爭論并未到此結束。1922年，蔡元培在《石頭記索隱》第六版自序中再次闡述了自己的觀點，指出研究作者與版本固然重要，但小說中的故事情節“絕非無考證之價值”。在以蔡元培為首的索隱派看來，新紅學的研究不過是五十步笑百步，從而為紅學領域的長期論爭埋下了伏筆。

　　1972年，臺灣出版了杜世杰的《紅樓夢原理》，后來又出版了增補本的《紅樓夢考釋》，堅持蔡元培的思路并將其發展，認為《紅樓夢》的作者不是曹雪芹，而是“抄寫存”或“抄寫勤”的諧音。作者應該是吳梅村。吳梅村是明末清初的著名詩人，心懷亡國之痛，不能補天而深自愧悔，所做之詩多隱史含事，從而符合《紅樓夢》的作者身份。

　　新世紀以后，以劉心武為影響最大的索隱派在大陸也不絕如縷，其核心也基本是蔡元培《石頭記索隱》的延伸與發展，將康雍乾三世的歷史與《紅樓夢》中的情節、人物進行對比研究，諸如賈寶玉是石頭變的，是假玉，是假傳國玉璽。圍繞寶玉而進行的釵黛之爭，實質是明清之爭。黛玉是明朝的代表，寶釵是清朝的代表。蔣玉菡是明太子，將玉含著也！胡庸醫亂用虎狼藥，引得寶玉大罵，表面是罵胡庸醫，其實是罵清政府等等。