明清時期陪都地區(qū)出現(xiàn)了留守制與兩京雙套制同時存在的情況。明代中都留守、興都留守皆與之前朝代相同設置留守司進行管轄，北京作為行在(陪都)時設行在五軍都督府進行管轄。明代南京、清代盛京則在相應的留守機構(gòu)外實行兩京雙套制，即在陪都地區(qū)比照首都設立了一整套的中央官制，實行中央機構(gòu)雙套制，這是中國古代陪都官制發(fā)展的極致。

　　明清時期，陪都南京和盛京皆未設置留守司。明代南京是將之前包括六部在內(nèi)的官署保留下來作為留守機構(gòu)，其中具有實權的是南京太監(jiān)留守、南京守備、參贊機務。清代盛京的留守機構(gòu)是以盛京將軍衙屬、奉天府衙、盛京五部、盛京內(nèi)務府組成。明清陪都官制皆屬京官，陪都官制設置基本比照主都官制以及機構(gòu)而略有減少，職權不及主都，主都陪都官制實行雙套制，陪都機構(gòu)除打理陪都日常事務外，亦有“備用”之意。

　　一、明代陪都官制

　　明代曾出現(xiàn)多個陪都，包括明初的北京開封府、中都鳳陽府，成祖初期的行在北京，定都北京后的兩京主體制下陪都南京，以及嘉靖年間的興都承天府等。

　　北京留守行后軍都督府中“置左、右都督，都督同知，都督僉事，無定員，經(jīng)歷、都事各一人。后又分五府，稱行在五軍都督府”。同時，并設留守五衛(wèi)，仍然屬于五府，其職掌為“分守城門及更番點閱皇城四門”。

　　南京留守機構(gòu)的職官設置由原作為京師遺留并繼續(xù)保留下來的六部、南京守備(包括南京內(nèi)守備、外守備、協(xié)同守備)、南京參贊機務、南京五軍都督府、南京衛(wèi)指揮使司等組成。作為兩京雙套制的南京六部與北京六部相比，尚書官品與職權皆低于北京，多為閑職，其中最為重要的是兵部，“成化二十三年始奉敕諭，專以本部尚書參贊機務，同內(nèi)外守備官操練軍馬，撫恤人民，禁戢盜賊，振舉庶務，故其職視五部為特重云”。

　　遷都北京后，南京留守機構(gòu)以“命中府掌府事官守備南京，節(jié)制南京諸衛(wèi)所”。南京守備、參贊機務則掌有實權，是此前各朝陪都留守制度的延續(xù)，但權力有所分散。南京守備掌節(jié)制南京諸衛(wèi)所，及南京留守、防護事務。明洪熙元年(公元1425年)，以宦官同守備，即“以內(nèi)臣同守備”。守備以公、侯、伯充任，兼管南京中軍都督府。守備包括內(nèi)守備與外守備、協(xié)同守備。協(xié)同守備以侯、伯、都督充任，兼管前、后、左、右、中五軍都督府事務，以中府為治所，節(jié)制其他各府。

　　南京內(nèi)留守多數(shù)為太監(jiān)，也掌有實權，如劉瑯，“冬十月，巡撫孫燧捕賊首吳十三等，系南康府獄，濠恐泄謀，陰令賊黨劫獄奪之。十四年春二月，寧王宸濠持重賄交通南京留守太監(jiān)劉瑯”。內(nèi)守備常常凌駕于他官之上。“南京外守備、協(xié)同守備作為武職官員，在南京守備制度中占有一席之地，明初期其地位最高，作用最大，明晚期則衰落。南京守備武臣在南京守備制度中的地位和作用，是與明代政治制度的發(fā)展變化相一致的”。參贊機務一人，以南京兵部尚書兼任，“掌南都一切留守、防護之事”，“設立之初，原為參贊南京外守備所設，雖有分權牽制之意，其地位、權力均次于外守備，明中葉后守備南京方面的權力逐漸高于內(nèi)外守備，其權力為南京百官之首，地位為南京文官之首”。

　　守備、協(xié)同守備之下設南京五軍都督府，其職官包括左右都督、都督同知、都督僉事、經(jīng)歷、都事，但是這些官職不一定同時都設置。擔任南京五軍都督府的官員都具有勛爵或三等都督的品級，其職能為“分掌南京衛(wèi)所，以達于南京兵部”。有下屬機構(gòu)具體負責相關事務，如“凡管領大教場及江上操備等事，各府奉敕分掌之”，“城門之管鑰，中府專掌之。初設城門郎，洪武十八年革，以門禁鎖鑰銅牌，命中軍都督府掌之”。

　　在兩京雙套制下，“南京官品秩，俱同北京”;也就是說，“南京所設的文官六部都察院、武官五軍都督府，都是最高一級國家機構(gòu)，與北京同級”，其官員亦屬于京官。

　　二、清代陪都官制

　　清代時期，陪都留守機構(gòu)仍然未置留守司，而是設立了其獨特的管理機構(gòu)，并且細化了這些機構(gòu)的設置、職掌、品級、人員等方面內(nèi)容。清代歷史上兩個重要的陪都分別是留都盛京、行都承德。盛京地區(qū)，盛京將軍、奉天府、盛京五部、盛京內(nèi)務府是陪都的幾個主要機構(gòu)。盛京將軍是盛京地區(qū)的最高軍政長官，相當于以往的留守，最初稱之為“鎮(zhèn)守盛京京城總管官”。順治二年閏六月壬辰日“定文武官員品級”時，定“……鎮(zhèn)守盛京京城總管官、貝勒壻多羅額駙、攝政王下內(nèi)大臣為二品”。順治三年，升盛京京城總管官為昂邦章京，品級為一品。康熙元年，盛京昂邦章京改稱為鎮(zhèn)守遼東等處將軍;康熙四年，改稱為鎮(zhèn)守奉天等處將軍;乾隆十二年又改稱為鎮(zhèn)守盛京等處將軍，簡稱“盛京將軍”。奉天府：清廷即“以沈陽為奉天府，置府尹”，奉天府尹與京師順天府尹平級，為正三品，比一般行省的知府(從四品)高三級，權力同于行省，與北京順天府地位相同，此為陪都之特殊規(guī)制。盛京五部直隸中央，官員均不設尚書，只設侍郎，“品秩視京師。各部同”。而且侍郎以下各官，“俱系滿缺，間用漢軍、漢人，出自特簡”。盛京內(nèi)務府是京師總管內(nèi)務府的分支，建立之初，其總管大臣一職就由盛京將軍兼任。盛京內(nèi)務府地位雖高，但并不掌握地方軍政大權，只是管理皇室經(jīng)濟事務，所以皇帝才放心地委任盛京將軍擔任總管大臣。直至清末，這一職務一直由盛京將軍兼任。由此看來，盛京將軍、奉天府尹、盛京五部侍郎皆為京官。從制度角度講，在《清代職官年表》中，盛京五部侍郎始終被列入中央國家機關的職能序列、奉天府尹始終被列入“京卿年表”，兩京雙套制十分清晰。

　　綜上所述，明清時期陪都地區(qū)實行的官制是在留守制之上的兩京雙套制，留守官制在名稱和具體職官設置上與前代有所不同。而在陪都留守制之外另設的比照主都但地位略低的中央機構(gòu)體系，無疑是這一時期陪都留守官制的最大變化和發(fā)展。