14歲時，潘光旦被保送清華大學。大二時，右膝蓋感染結核菌，最終治療無效，不得不截肢，終生架拐行走。這就免不了被同學取笑，但潘光旦對此從不在意。一次上生物課，老師講到遺傳時舉例，德國生物學家曾做過一項實驗，將老鼠的尾巴斬斷，看看斷尾老鼠的后代是否也斷尾。下課后，同學們圍住潘光旦笑道：“你將來生下的子女，是單腿還是雙腿呢？”潘光旦明知大家是在捉弄自己，一點也不惱，還一本正經地說：“那還用說，老子長著什么樣的腿，子女自然就要長什么腿了，不然就麻煩了。”

　　1940年夏，潘光旦應邀在西南聯大演講，在講到孔子時說：“對于孔老夫子，我是佩服得五體投地的。”話音剛落，就有學生在臺下高喊：“潘先生，您講錯了。”潘光旦一愣，隨即明白了，下意識看了一眼自己缺失的一條腿，馬上大聲更正道：“對不起，確實講錯了，對我來說應該是四體投地。”引得同學們大笑。

　　“文革”中，潘光旦被打成了“反動學術權威”，造反派明知他只有一條腿，連行走都不方便，卻偏要讓他拔草，還不準帶小板凳，他只得坐在地上，以手拄地艱難前移。即便如此，他也從不叫屈。如他的老同學、燕京大學校長梅貽寶所說：“光旦秉性溫和忠厚，論語上說的‘溫、良、恭、儉、讓’諸美德，他當之無愧。”