秘書部作為協會內部的組織、協調中心，以協助協會主席團處理協會日常事務為工作中心，同時協調各部門的關系，促進協會各項工作的順利開展。

　　秘書部的工作內容以“上傳下達，內外聯系”為主，及時將主席團的決策下達各部門同時定期反饋各部門的工作情況，傳達雙方的問題和意見，以便及時作出工作調整。SMU卓越醫學生協會秘書部的骨干以輔助主席團工作、收集部門成員對于所負責相應部門的工作成果并且反饋至主席團為主，而成員滲透于每個部門，以協助各部門的工作、將工作成果匯總反饋至骨干為主，其具體工作內容為：協助主席工作，做好每次大型活動前的準備工作；做好各項會議的通知、記錄和考勤登記；管理協會各種文件、信函、報紙等，并對文件、信函登記，存檔；協助主席團調配人手、傳達通知、撰寫有關文件等；做好活動經費的預算、支出、收入登記；負責組織協會新干事的招聘，開展各部門的培訓，提高學生會干部的工作水平；在領導、老師和同事、同學之間起到一個上傳下達的作用。